Dec 11, 2019   10:37 a.m. Hilda
Academic information system

Course syllabus N426G0_4I - Genomika, proteomika a bioinformatika (FCHPT - ZS 2020/2021)


     Information sheet          ECTS          Syllabus          


     Slovak          English          


Vysoká škola: Slovenská technická univerzita v Bratislave
Fakulta: Fakulta chemickej a potravinárskej technológie
Kód predmetu: N426G0_4I
Názov predmetu: Genomika, proteomika a bioinformatika
Druh, rozsah a metóda vzdelávacích činností:
prednáška2 hod. týždenne (prezenčná metóda)
cvičenie2 hod. týždenne (prezenčná metóda)

 
Počet kreditov: 5
 
Odporúčaný semester/trimester: -- obsah tejto položky nebol definovaný --
Stupeň štúdia: 2.
Podmieňujúce predmety: žiadne
 
Podmienky na absolvovanie predmetu:
Odovzdať vypracované zadania z bioinformatiky a funkčnej genomiky.
 
Výsledky vzdelávania:
Predmet Genomika, proteomika a bioinformatika sa zaoberá veľmi rýchlo sa rozvíjajúcou oblasťou na úrovni celých genómov, proteómov ako aj databázami, ktoré obsahujú dáta o génoch, proteínoch, genómoch a proteómoch. Študent získa znalosti o metódach sekvenácie genómov, rozdieloch medzi prokaryotickými a eukaryotickými genómami, základoch proteomiky a proteomických metódach. Študent tiež získa znalosti praktickej bioinformatiky, komparatívnej, evolučnej, humánnej a funkčnej genomiky. Tieto znalosti by mali pomôcť študentom pri uplatnení sa v centrálnych laboratóriách a v komerčných biologických a medicínskych laboratóriách ako aj v ďalšom postgraduálnom vzdelávaní.
 
Stručná osnova predmetu:
1. Klasifikácia genomiky. Sekvenovanie genómov a sekvenačné metódy („next-generation sequencing“). Hlavné databázy pre genómy organizmov.
2. Štruktúra, organizácia a zloženie prokaryotických genómov. Mikrobiálna genomika a genómová epidemiológia.
3. Funkčná genomika, metagenomika a metódy metagenomiky.
4. Evolúcia a štruktúra mitochondriálnych genómov, mtDNA a mitochondriálne ochorenia.
5. Štruktúra, organizácia a zloženie eukaryotických genómov. Repetitívne a transponovateľné genetické elementy a ich vplyv na genóm. Telomérne a subtelomérne oblasti.
6. DNA metylácie, RNAi a utlmenie expresie génov.
7. História sekvenovania ľudského genómu. Evolúcia ľudského genómu a štruktúrne variácie (STR, VNTR, SNP).
8. Genomika ľudských ochorení, nutričná genomika, epigenomika a metódy epigenomiky.
9. Malditof a ESI, ich využitie v proteomike, spektrá a ich analýza.
10. Tandemová hmotnostná spektrometria, sekvenovanie peptidov pomocou tandemovej hmotnostnej spektrometrie.
11. Afinitná purifikácia proteínov a TAP tag.
12. Hlavné online databázy (InterPro, UniProt, Pride, Pfam). Podobnosť, homológia, lokálne a globálne priradenie sekvencií.
13. Skórovacie matice (PAM, BLOSUM). Predikcia štruktúry proteínov a RNA a štrukturálne priradenia proteínov.
 
Odporúčaná literatúra:
Základné:
CVRČKOVÁ, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Česko: Academia, 2006. 148 s. ISBN 80-200-1360-1.
HEYER, L. -- CAMPBELL, A. Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. USA: Cold Spring Harbor Lab. Press, 2006. 352 s. ISBN 0-8053-4722-4.
BREJOVÁ, B. -- NEBOHÁČOVÁ, M. -- NOSEK, J. Genomika. Univerzita Komenského: CreateSpace Independent Publishing Platform, 2013. 276 s. ISBN 1-49373-133-5.
HAWLEY, S. -- MORI, C. The human genome. Kanada: Academic Press, 2011. 420 s. ISBN 0-12333-445-4.

 
Jazyk, ktorého znalosť je potrebná na absolvovanie predmetu: slovenský jazyk alebo anglický jazyk
 
Poznámky:
 
Hodnotenie predmetov:
Celkový počet hodnotených študentov: 64

ABCDEFX
70,3 %18,8 %6,3 %4,6 %0 %0 %
Vyučujúci: doc. Ing. Boris Lakatoš, PhD. (zodpovedný za predmet)
 
Dátum poslednej zmeny: 20. 5. 2019
Schválil: doc. Ing. Boris Lakatoš, PhD. a garant príslušného študijného programu


Poslednú zmenu urobil Ing. Tomáš Molnár dňa 20. 05. 2019.

Type of output: