Jun 16, 2019   11:16 a.m. Blanka
Academic information system

Persons at STU


This page displays all publicly accessible information about the desired person. Some information about the person's occupation and offices may be hidden.

Ing. Michal Kaliňák, PhD.
Identification number: 4447
University e-mail: michal.kalinak [at] stuba.sk
 
Vedecký pracovník KS II.b. CSc.,PhD. - Centrálne laboratóriá FCHPT (FCFT)
Department chief official - Centrálne laboratóriá FCHPT (FCFT)

Contacts     Graduate     Lesson     Final thesis     
Publications     Placements     Supervised theses     

Basic information

Basic information about a final thesis

Type of thesis: Dissertation thesis
Thesis title:Transport processes and metabolism of filamentous fungi
Written by (author): Ing. Michal Kaliňák, PhD.
Department: Department of Biochemistry and Microbiology (IBM FCFT)
Thesis supervisor: prof. RNDr. Daniela Hudecová, CSc.
Opponent 1:prof. RNDr. Yvetta Gbelská, CSc.
Opponent 2:Ing. Július Brtko, DrSc.
Final thesis progress:Final thesis was successfully defended.


Additional information

Additional information about the final thesis follows. Click on the language link to display the information in the desired language.

Language of final thesis:English

Slovak        English

Title of the thesis:Transportné procesy a metabolizmus vláknitých húb
Summary:Transport a metabolizmus vo vláknitých hubách je veľmi zložitý proces. Ukázali sme, že transport jantáranu a fumaranu do A. nidulans nie je indukovateľný len ich prítomnosťou v médiu, ale aj octanom. Transport vykazoval rozdiely v citlivosti na odpriahač a inhibítor dýchacieho reťazca. Limitácia živín spôsobuje rozdielne vylučovanie organických kyselín. V médiu pri T. atroviride sa našiel hlavne citran a na médiu bez dusíka, fosforu resp. síry sa pozorovalo oneskorenie jeho vylučovania. Pri P. ochrochloron sa citran našiel len v kompletnom médiu, ale jantáran a jablčnan sa objavili aj pri limitácii živín. Fumaran bol prítomný takmer vo všetkých médiách, ale jeho koncentrácia bola príliš nízka na to, aby významne prispieval k celkovej uhlíkovej bilancii. Hoci existujú rozdiely v exkrécii organických kyselín, primárny dôvod ich vylučovania tkvie pravdepodobne v prebytkovom metabolizme, ktorý slúži na zlepšenie šance na prežitie. Prítomnosť inhibičných koncentrácií osemuhlíkových oxylipínov spôsobuje posun v koncentráciách metabolitov smerom k anaeróbnemu metabolizmu a GABA skratu. Je možné, že pri nižšej koncentrácii oxylipínov to môže slúžiť ako mechanizmus indukcie konidiácie. Za anaeróbnych podmienok T. atroviride nerastie, ani nevyužíva fumaran na respiráciu. Napriek tomu prežíva mesiace v takomto prostredí, čo naznačuje, že prechádza do dormantného stavu s nízkou alebo žiadnou metabolickou premenou. Ak je spotreba kyslíka nízka t.j. za hypoxických podmienok, tvoria sa malé množstvá etanolu, ktoré sa dajú detegovať aj po lyofilizácii, pretože počas autoklávovania sa vytvoria komplexy podobné cyklodextrínom. Vnútrobunkový metabolizmus počas klíčenia je charakteristický nárastom koncentrácií aminokyselín. Nárast cholínu a betaínu indikuje biosyntézu membrán. Publikované transkriptomické štúdie ukazujú na prechod od glykolýzy k oxidačnému metabolizmu počas klíčenia, čo vidieť na poklese etanolu a mliečnanu, hoci v našom prípade nedochádza k nárastu intermediátov citrátového cyklu. Tieto zlúčeniny si huba, zdá sa, udržiava na ustálených koncentráciách, pretože existuje tok látok od živín k anabolickým metabolitom. Rast a starnutie T. atroviride pri vsádzkovej kultivácii vykazovalo zmeny vo vnútrobunkových metabolitoch, ktoré boli závislé na dostupnosti živín v médiu. Zdá sa, že manitol funguje ako zásobáreň uhlíka a v neskorších fázach kultivácie klesá, aby zachoval hubu životaschopnú. Z dostupných dát predpokladáme, že počas druhého maxima viacerých metabolitov dochádza k autofágii, ktorá je spôsobom prežitia huby a prejaví sa to na miernom poklese biomasy. Hladina GABA dostatočne dobre kopíruje predtým pozorovanú aktivitu GAD, no získané výsledky neumožňujú vysvetliť jej úlohu. Disruptant v gad géne okrem absencie GABA nevykazuje vplyv na vnútrobunkové zloženie, čo vyvoláva ďalšie otázky ohľadne jej úlohy, ale snaha o nájdenie receptora a zistenie úlohy kalcineurínovej signalizácie by ju mohli pomôcť v budúcnosti objasniť. Porovnanie s S. cerevisiae ukázalo, že za fyziologických podmienok kvasinka GABA nevytvára a využíva ju hlavne na katabolické účely. Počas konidiácie vyvolanej svetlom, vápnikom a poranením bol najvýraznejšou črtou nárast glutamanu. Hladina GABA klesala napriek našim očakávaniam a nárastu GAD aktivity po osvetlení mycélia. Pri niektorých aminokyselinách bol pozorovaný len prechodný nárast v koncentrácii, akoby sa tým huba pripravovala na samotnú konidiáciu. Počas sledovania metabolizmu 13C značenej glukózy sa v NMR spektrách ukázalo prekvapivo málo metabolitov. Zmeny manitolu, glutamanu, glutamínu a alanínu boli v zhode so známymi metabolickými dráhami a korešpondovali so zmenami pozorovanými pri raste a starnutí. Z objavenia sa značky v pozícii 5 glutamanu predpokladáme, že sa tam dostala činnosťou fosfoenolpyruvátkarboxykinázy. Na rozdiel od ostatných metabolitov glutamín postupne s časom vzrastal, čím je naznačená jeho úloha v skladovaní prípadne detoxikácii amoniaku. Keďže toto boli prvé experimenty s použitím 13C značených substrátov v našom laboratóriu, budúce vylepšenie protokolov a spracovania dát môže ukázať sľubné informácie a ozrejmiť priebeh metabolických tokov. Na záver práce bolo prezentované zhodnotenie metabolomiky založenej na NMR. Napriek niektorým obmedzeniam a nevýhodám bolo ukázané, že táto metóda je nenahraditeľná a doplnková k iným metabolomickým postupom.
Key words:vláknité huby, transport, metabolizmus

Display and download files

To display the final thesis assignment form click on the Display the final thesis assignment form icon. The following icons - Final thesis, Thesis appendices, Supervisor's review, Opponent's review - relate to the final thesis and can be downloaded. They could be displayed on condition they have been inserted and are available publicly.

Display the assignment form

Parts of thesis with postponed release:

Final thesis (final thesis appendices) unlimited
Reviews for final thesis unlimited